梅州市第二中醫(yī)醫(yī)院的前身為梅縣中醫(yī)院。始建于1958年5月，經(jīng)梅縣人民政府批準(zhǔn)成立，租用梅城鎮(zhèn)中華路42號店宇為院址，以珠條街衛(wèi)生所人員為基礎(chǔ)，職工20人，醫(yī)療業(yè)務(wù)以門診為主，另設(shè)簡易病床20張。同年9月，梅縣工人診療所并入中醫(yī)院。1959年3月，梅縣中醫(yī)院與梅縣人民醫(yī)院合并，稱梅縣第一人民醫(yī)院。1960年2月，重建梅縣中醫(yī)院，租用中華路 84號店宇為院址。職工18人，醫(yī)療業(yè)務(wù)不分科仍以門診為主，設(shè)留醫(yī)病床20張。1975年，由省衛(wèi)生廳撥款9萬元，梅縣衛(wèi)生局撥款3萬元，自籌1．5萬元，共13．5萬元，購買梅松路17號（現(xiàn)為梅松路35號）原梅縣建筑工程公司舊址修建新院址(現(xiàn)院址)同年，梅州鎮(zhèn)成立，中醫(yī)院歸鎮(zhèn)所屬，稱梅州鎮(zhèn)中醫(yī)院。1976年，新院址建成投入使用，為院本部。設(shè)立住院部，分內(nèi)科、骨傷科、痔外科、并設(shè)門診部，原中華路院址為中華門診部。1979年1月，原屬集體所有制的梅州鎮(zhèn)中醫(yī)院轉(zhuǎn)為全民所有制3月，梅州鎮(zhèn)中醫(yī)院改稱梅州市中醫(yī)院。同年冬，省衛(wèi)生廳撥款5萬元，廣州中醫(yī)學(xué)院支持1萬元，梅州市政府撥款10萬元，自籌13萬元，共29萬元，新建三層門診大樓，1983年10月門診大樓建成并投入使用。同年底，梅州市中醫(yī)院改稱梅縣市中醫(yī)院。

　　1985年2月華僑曾昭華、曾昭志兄弟捐建的“廣壬樓”落成并投入使用，建筑面積三層樓共898平方米，是當(dāng)時梅縣地區(qū)第一家擁有制劑樓的縣級中醫(yī)院。

　　1987年醫(yī)院自籌資金人民幣29萬元，旅美華僑謝文蔚、謝文洸兄弟認(rèn)捐10萬元，興建醫(yī)技樓（又名慕慈樓）樓高四層共1500萬平方米，1988年初建成并投入使用，內(nèi)設(shè)檢驗科、放射科、彩超室、B超室、心電圖室、腦電圖室。

　　1988年3月，縣區(qū)分設(shè)，原梅縣市分為梅江區(qū)和梅縣、梅江區(qū)為梅州市直轄縣級區(qū)，中醫(yī)院歸屬梅江區(qū)，改稱為梅州市梅州中醫(yī)院。

　　1990年創(chuàng)建全國示范中醫(yī)醫(yī)院，在梅江區(qū)區(qū)委，區(qū)政府的重視關(guān)懷下，發(fā)動旅印尼華僑上百人共捐資三百多萬元，建造住院大樓，樓高六層，建筑面積6033平方米。1991年12月竣工并投入使用，內(nèi)設(shè)骨傷科、內(nèi)科、外科（肛腸科）、婦產(chǎn)科、手術(shù)室，設(shè)置病床200張。住院大樓的建成投入使用后中醫(yī)院醫(yī)療業(yè)建設(shè)上了一個新臺階。1994年11月被廣東省衛(wèi)生廳，廣東省中醫(yī)藥管理局授予二級甲等中醫(yī)醫(yī)院，同年12月被國家中醫(yī)藥管理局評為“全國示范中醫(yī)院”，并成為廣州中醫(yī)藥大學(xué)教學(xué)醫(yī)院。2007年被廣東省衛(wèi)生廳授予“廣東省中醫(yī)名院”的稱號。

　　2005年省政協(xié)副主席、衛(wèi)生廳廳長姚志彬來醫(yī)院視察后，得到梅州市市委、市政府的重視支持，2006年7月批準(zhǔn)更名為梅州市中醫(yī)院。

　　2007年在廣東省委、省政府中醫(yī)藥強省和“三名建設(shè)”（名院、名科、名醫(yī)）精神的大力推動下，醫(yī)院籌集資金600多萬元對住院大樓進(jìn)行了全面的裝修改造，面貌煥然一新。

　　2009年8月在得到了華僑李有權(quán)博士的鼎力資助800萬港元和花都區(qū)政府真情幫扶200萬元，省政府、發(fā)改委專項撥款1000萬元，將原有門診樓、醫(yī)技樓拆除新建李有權(quán)門診大樓，投資總額2000多萬元，門診大樓樓高八層，建筑面積 8425平方米，集門、急診、醫(yī)技、行政辦公于一體，醫(yī)院的環(huán)境、設(shè)施臻于完善，提升了醫(yī)院品牌形象。

　　2012年12月在梅縣區(qū)、梅江區(qū)人民政府關(guān)心支持下以8000萬元購買占地面積37220平方米，建筑面積21579.72平方米的梅縣人民醫(yī)院舊址進(jìn)行升級改造，進(jìn)一步完善梅州市中醫(yī)醫(yī)院醫(yī)療設(shè)備和改善就醫(yī)環(huán)境，促進(jìn)中醫(yī)事業(yè)發(fā)展，為爭創(chuàng)“三級甲等中醫(yī)醫(yī)院”，打下堅實基礎(chǔ)。

　　2015年8月，根據(jù)六屆61次梅州市政府常務(wù)會議精神，經(jīng)梅州市編委批復(fù)，梅州市中醫(yī)醫(yī)院更名為“梅州市第二中醫(yī)醫(yī)院”。

　　2017年12月26日順利通過國家中醫(yī)藥局三級甲等中醫(yī)醫(yī)院等級評審。

　　醫(yī)院走過了六十多年的歷程，規(guī)模從小到大，技術(shù)隊伍從弱到強，凝集了幾代中醫(yī)藥人的辛勤付出。展望未來，梅州市第二中醫(yī)醫(yī)院正朝著以人為本，堅持科學(xué)發(fā)展，堅持中醫(yī)醫(yī)院辦院方向，努力將醫(yī)院建成一所醫(yī)術(shù)精湛、服務(wù)優(yōu)良、環(huán)境優(yōu)美的現(xiàn)代化中醫(yī)醫(yī)院。